影片开场，穷凶极恶的大脚帮老大史莱德被押往监狱

就在囚车开进隧道时，大脚帮的小弟们一拥而上打劫囚车

女记者奥尼尔得知此事后，立刻通知城市的守护者

四只可爱的小乌龟前来阻止他们的越狱计划

可是对手太强大

大脚帮的托克曼博士利用时空传送技术将史莱德救出

但在传送过程中出现错误，把史莱德传送到了外星怪物大魔王的老巢

大魔王试图消灭称霸地球，几年前

大魔王把时空传送器发射到地球，在进入大气层的时候

巨大的阻力使传送器分解成三部分

一块掉落在巴西的热带雨林里，另一块在纽约的历史博物馆里

还有一块在大脚帮的托克曼博士手中

只要找到这三块装置就可以重新组装时空传送器了

到时候打开传送门，大魔王的外星战舰就可以来到地球征服人类

史莱德说：我可以协助你寻找传送器，但是你也要答应我一个条件

就是帮我解决掉那四只讨厌的忍者神龟

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此时，犀牛和野猪已经在巴西的热带雨林里找到了另一块传送器

于是四兄弟前往巴西他们

可是他们历尽千难险阻，还是无功而返

史莱德终于将三块传送器组装到一起，成功打开了传送门

星际战舰的零件被源源不断地运到地球化零为整

只要外星战舰组装完毕，大魔王将会攻击地球

而此时史莱德也想来分一杯羹，却被野心勃勃的大魔王干掉了

最后是忍者神龟和外星大魔王的巅峰对决

经过一番搏斗，四只小乌龟合力成功战胜了大魔王

奥尼尔和琼斯也成功关闭传送门，地球又恢复了往日的平静