第1集：

1945年日本投降后，地下党佟强收到消息带领着一个小分队埋伏在龙城郊外伏击物资运输车，不料反中埋伏暴露了自己的身份。佟强拼死冲出包围，危在旦夕，临终前他交代要老贺拿着钥匙找一个叫高飞的人帮忙找到关键人物刘远替他们完成寻找日本军火的任务。

就在两天前，军统第一特工沈冰也带着探查日军秘密军火的使命，以特派员的身份来到了龙城。而她的到来令龙城警备司令卢定军颇为苦恼。

几天后，在龙城云雨轩酒楼卢定军的上任舞会中，一名地下党人舍命将重要的情报传递给同样为地下党的云雨轩老板娘封格格。而封格格与龙城地下党书记贺光辉接头，才发现此时那个叫高飞的人正与他们要找的刘远恰巧被关在同一个地方——青山监狱。

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与此同时，高飞和沈冰等人、地下党员们、麻泗水挟持着少洪波纷纷前往顺清王府碑林，一场决战就此拉开序幕。

狡猾的卢定军以少洪波的性命做要挟，逼封格格帮他打开了地下军火库的大门。不料，刚走进地下密道，卢定军就杀了麻泗水，因为他早就知道了麻泗水的甲先生身份。封格格被逼着带卢定军一步步地走近军火库。此时，高飞在顺清王府外正带着地下党人们与官兵们交战，拼力营救她。

封格格趁机逃跑，少洪波被杀，卢定军等人困在机关里。幸得顾明找到了生门，卢定军和沈燕茹才得以逃出机关。而此时，被卢定军射杀的麻泗水突然睁开了眼睛。

第30集：

卢定军、沈燕茹和顾明三人终于找到了军火库的大门。卢定军打开大门，发现军火库的大批细菌武器和金银珠宝，大喜过望。他命顾明将这些东西装载到运输车上，而顾明却利用这个机会偷偷在车上安装了定时炸弹，企图释放病毒。

麻泗水赶到据点指挥着军统特工们开始行动。卢定军发现了顾明的真实身份，将其一枪毙命，准备离开之际才发现顾明在两辆车上都装了炸弹。此时，麻泗水带着军统特工们和高飞等人齐齐包围卢定军等人，并对其开火射杀，不料，卢定军以炸药逼迫开车逃走。军统和共党双方试图抢夺卢定军留下的病毒和珠宝，却得知车上都被装了定时炸弹。军统发现拆弹不成，带队撤离。炸弹很快会引爆运输车，为了龙车百姓的安慰，老宋和贺敏驾车离开，金小班急忙跳上了贺敏的车。

卢定军带着珠宝和沈燕茹坐上了逃亡的火车，却不料高飞和沈冰追来。双方展开了生死之战，一番殊死搏斗后，沈燕茹被沈冰杀死，卢定军被高飞打倒。此时，金小班成功将运输车开到郊外引爆，危机化解，贺敏得救，老宋壮烈牺牲。

高飞回到车厢内准备带沈冰离开，却不料此时火车开到了断崖，而沈冰被卢定军用手铐铐住，无法逃脱，危难之际，沈冰将高飞甩下火车，并嘱托高飞一定要救他们的孩子。火车冲下了断崖，高飞摊倒在地。

金小班抓了麻泗水逼他供出了高飞女儿的所在，高飞孤身前往救出了女儿高小飞，临出门之际，他们突然遭遇袭击，一个形似沈冰的女人救了他们一命，高飞告诉女儿她妈妈回来了。

此时，贺光辉收到了一份电报，上级祝贺特工003与他们顺利合作完成任务。