第1集：顾晓梦入职剿总机要处
时间能让一切飘然逝去，就像短暂的风声瞬间即失，如果时间可以倒流，顾晓梦想没有人会愿意踏进那艘船。
那时24岁的顾晓梦刚从普林斯顿大学数字系毕业，之后经过剿总司令部特训班培训结业，到司令部接受考核，出的考题是10分钟内找出左右两边的人谁是偷盗情报的间谍，经过缜密推算，顾晓梦很快找到了正确答案。这时剿总司令部机要处处长金生火走了进来，安排给顾晓梦加一道译电测试，如果测试成功，直接抽调档案进入机要室。属下提醒他，按照规定测试通过后，人事处要重新审查背景后才能正式入职，金生火认为顾晓梦是苏杭船王顾民章的女儿，而顾民章是南京国民政府经济委员会副会长，也是汪主席的座上宾，所以他女儿的政治背景根本无需大动干戈调查。最终顾晓梦以4分23秒的速度破译出了密码，金生火告之她是第二个取得这样好成绩的人。
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顾民章向鹫巢汇报几天来他已经调查了南京国民政府重要官员的所有帐目，发现最可疑的人在诸位之间，他给龙川看了蒋介石迁都以来的财政总帐，赤字率高达百分之六十以上，就目前重庆的财力绝不可能去供养一个孤舟到南京用金钱收买高官，所以孤舟的手段只能是靠搜罗别人的隐私和罪证来拉拢和要挟南京方面的高官，龙川认为顾民章的推断很荒谬，张司令却称自己的秘书白小年就是死于此。顾民章接着说监听南京国民政府高官的主要是三个系统：日军的特务机关、情报部和特高课，他已经调查了南京高官和这三个系统主要负责人的经济往来。龙川听了拍案而起，问谁给顾民章这么大的权力？鹫巢平静地说是自己授意的。顾民章接着汇报他发现三个情报机关副职以上的高官，人人定期从鸡鸣寺的官僚那里收到大笔数额惊人的汇款，但只有龙川从来没有收过中国人的一分钱，龙川自豪地说做为帝国军人他不屑这些肮脏的交易，顾民章却指出龙川要的不是钱是服从，根据调查结果：龙川是最有嫌疑的人。
龙川坐不住了，指责他们在联手诬陷自己，鹫巢提醒让顾民章协助调查孤舟还是龙川的提议。龙川称不知什么时候自己失去了老师对他的信任，但要从今晚开始证实自己对帝国和老师的忠诚，他之所有没有收中国人的钱，是因为对待帝国的事业比见钱眼开的小人更忠诚。张司令这时拿出了在办公室龙川和他对话的录音，龙川说：“没有结果的悬案比已经真相大白的案子有趣的多，它有一种操控一切的权力……”，张司令认为龙川借口调查老枪其实就是用通共的嫌疑来要挟自己，进而接管整个司令部。龙川反驳张司令如果没有通共嫌疑，就谈不上要挟，而且日本接管司令部也是天经地义，张司令的录音完全断章取义，张司令质问龙川突然调动坚决反共的军官包括王处长在内又是何意？龙川示意王田香为自己作证，没想到王田香站起来说张司令派自己去前线是想给他机会立功受赏，倒是龙川有些行为他看不明白，比如他授意签发抓捕孤舟的密电。龙川解释那是为了钓出老鬼，他专门制造了一封孤舟要和戴笠密使见面的假电报并且发到了密码船上的谍报专家组里，王田香称说皖南事变后，中共和延安的关系非常紧张，如果真要抓捕中共的间谍老鬼，根本没有必要用戴笠的间谍孤舟做饵。龙川骂王田香是见利忘义的小人，根本不会理解共产党人的心态，王田香指出龙川在截获密电之后，又制造了四份密电并发往不同的电台，结果只有发往剿总司令部的密电金生火亲自组织破译，吴志国实施抓捕，四组人马里明明只有剿总司令的行为是最没有疑点的，但龙川却把矛头指向了剿总司令部，当晚就把金生火、李宁玉等五人全部抓到了裘庄，龙川解释那是因为因为李宁玉是第一个也是唯一一个破解恩尼格玛机的人，那封德军的绝密情报也是从五人中泄露的，事实证明他确实从五人中抓到了老鬼。顾晓梦指证说龙川并抓到老鬼，李宁玉直到被龙川逼死都没有承认自己是老鬼，而龙川用来给她判罪的证据就是这封被伪造的遗书，龙川称李宁玉的遗书原是交给潘汉卿的，只是自己没有看出破绽，所以才原样伪造了一份想让顾晓梦破译，没想到顾晓梦竟帮自己看出了李宁玉传递情报的铁证，也排除了她自己的嫌疑。顾晓梦称王田香有句话提醒了自己：如果李宁玉真的设计这么简单的密码，只地大大增加了潘汉卿的危险，所以真相就是李宁玉的这封遗书是龙川在李宁玉死后伪造的，甚至李宁玉根本不是自杀，是龙川强行给她服下了毒药，因为龙川不是密码专家，所以用了最简单的摩斯密码。龙川反驳事实不是这样的，他现在明白了李宁玉突然自杀一定是和顾晓梦事先串通好了，李宁玉在自杀前写下这封遗书就是为了让顾晓梦在今天为她翻案，李宁玉不亏是天才，死后还能杀人。顾晓梦称死后杀人付出的代价太大了，在座的没人会信如此荒谬的解释。顾民章给出了合理的解释：他想不通为何只有龙川没有接受贿赂，王田香想不通为何龙川要把最没有嫌疑的五人抓进裘庄，顾晓梦想不通为什么李宁玉的遗书漏洞百出，这一切都是因为龙川就是孤舟：金生火从戴笠身边逃走后，是军统锄J上排在前几位的大汉J，孤舟的重要使命之一就是尽快杀了他，所以密码船事件发生后，龙川迫不急待地从情报部门捞到了这个案子。龙川解释调查密码船是松井司令新手交给自己的任务，顾民章称五人进入裘庄后龙川的调查方向就与密码船完全无关了，他宣布裘庄调查的目的是要抓出中共的老鬼。龙川因为放弃了调查森田刺杀案，还在司令部与三井发生冲突并致其重伤，就是因为龙川知道金生火绝不是刺杀森田的凶手，如果继续调查密码船案的话，他就不能名正言顺地杀了金生火，所以他假借清除内J，向四个情报组织发出了一份假密电，而其它几个被他成功要挟的情报组织即使破译了密电，也不敢前往抓捕，所以金、李、白、顾、吴五个实施抓捕的人就顺理成章地被龙川带到了裘庄，龙川此举不仅杀死了金生火，为戴笠锄了J，也摧毁了那个唯一没有被他拉拢的情报组织，杀害了金生火、李宁玉这样一流的谍报专家，又用老枪的罪名要挟张司令，使司令部成为他的天下，可谓一石三鸟。龙川指出如果自己的使命是杀金生火就完成了戴笠交给自己的任务，即使不发假密电也能把五人抓进裘庄，顾民章的指控自相矛盾，恰恰说明了自己根本不是孤舟。
潘汉卿也赞同龙川不是戴笠的间谍孤舟，他的理由是如果龙川是戴笠派出来的高级间谍，至少对自己和徐恩曾的恩怨有所了解，绝不会在知道自己真实身份后问李宁玉他是否是在叛逃前就加入了共产党！潘汉卿听过王田香转述裘庄捉鬼的案子后，认为龙川对金、吴、白小年的审讯手法违反了审讯间谍的基本原则，审讯间谍最简单直接的方法就是动刑，而王田香数次建议动刑都被龙川否决，王田香也作证说即使军部的军令状卡在脖子上龙川也不为所动，龙川解释他是不屑于用严刑逼供这种最拙劣的审讯手段来审问金生火、李宁玉那样的谍报天才，因为他们如果内心有信仰会比钢铁还坚硬，潘汉卿指出裘庄十日，龙川这样的循循善诱实际是在为真正的凶手找替身，因为他才是真正的老鬼，龙川笑道刚才还指控自己是孤舟，现在又说是老鬼，别忘了李宁玉带有黄雀的信息是发给潘汉卿的，是潘汉卿破译了密码传递给他组织的。
张司令拿出那支没有编码的盘尼西林针剂，称他从卖货人的底帐上查到龙川买了这支针的第三天，黄雀就死了，现场还发现了药品和盘尼西林的注射器，龙川称这是诬陷，黄雀是车祸死亡，侯爵亲眼所见。顾晓梦指出龙川这是亲口承认车祸死亡的是黄雀了，那为何他要向侯爵隐瞒这场车祸还有黄雀的真实身份呢？鹫巢称香取军医已经把车祸调查结果给自己汇报了，他之所以没有揭穿龙川，是在等他的合理解释。潘汉卿说最合理的解释就是龙川就是老鬼，他杀黄雀就是为组织除J，钱二太太死后，他怕暴露所以需要一个替死鬼，而金生火、李宁玉就是对中共地下党最具威胁的人，龙川在裘庄名义为审讯，实际是在核查他们每个人的身份背景、经历，试图找一个真实的替死鬼。龙川气愤潘汉卿编的故事漏洞百出，潘汉卿反驳如果李宁玉是真正的老鬼，她已经死在了裘庄，黄雀的身份信息是谁传递的？这只能说明老鬼没有死，是龙川传递了情报。龙川指出死人也能传递情报，潘汉卿指出那封遗书是龙川伪造的，即使李宁玉是老鬼，她在进入裘庄前黄雀的信息并没有泄露，她进入裘庄后，裘庄被龙川封锁不能传出任何信息，黄雀的信息是如何传递的？王田香作证说黄雀的真实信息是龙川透露给吴志国的，龙川解释那样做是为了引出老鬼，潘汉卿认为如果是计策根本不用使用真实信息，龙川称这也是无奈之举，他是怕老鬼不现身。
第38集：顾晓梦走上革命道路
龙川解释他给吴志国传递真实信息是为了逼老鬼现身。潘汉卿指出如果未达到目的，根据谍报规则他们都得灭口，所以就算他们都不是老鬼，也绝不可能活着走出裘庄。龙川反驳顾晓梦也知道黄雀的信息她就活着走出裘庄了，潘汉卿称那是因为龙川需要一个人证把情报顺利传递出裘庄，而且在他把黄雀杀害后，需要找一个替死鬼，黄雀就死在离开顾家必经的山道上，这绝不是巧合。龙川申辩自己和老师当时都在车上，他不可能宁愿惜牺牲自己也要加害老师，潘汉卿解释龙川在铲除黄雀这个叛徒的同时还能加害侯爵，这对他们组织来说将是更大的收获，而龙川向侯爵隐瞒车祸的真相就是因为车上的刹车就是他切断的。鹫巢恍然大悟怪不得龙川向自己隐瞒真相，龙川解释自己既然已经在盘尼西林里做了手脚可以将黄雀致死，就没有必要再大费周章设计一场车祸了，潘汉卿敏捷地说龙川终于承认是他加害了黄雀，如果他不是共产党老鬼，为何要加害黄雀？王田香说龙川是日本人，没理由做军统或共党的间谍，一定是为了钱杀人，自裘庄主过世后，裘少年持家无方，迫不得已才把裘庄西楼让给自己做了窑子，而黄雀就是裘家大少爷裘令泽，在龙川给黄雀盘尼西林的当晚，他跟踪龙川到了酒馆，本想跟踪黄雀的住处，没想到被龙川发现打了他一枪。还有白秘书临死前在墙上刻了一句话：狼山后杀芳子 孤坟。虽然说墙上的字抹掉了，但骨子里的血脉是换不掉的，都说外甥随舅，不相信可以拿裘令泽的照片和龙川儿子的进行对比就知道他们长得像不像，龙川暴怒，掐住王田香的脖子，真到鹫巢发话才松了手。
张司令惊讶龙川的夫人竟然是裘庄主的女儿？王田香接着讲述裘庄主在上海意外身亡后，裘家大少爷和大小姐为了防止失踪的小少爷回来争夺财产，和龙川串通好把裘庄的宝藏秘密转移了。鹫巢问龙川这是真的吗？龙川笃定地说他的妻子是华族的女儿，不可能是中国人，张司令反驳华族的女儿会嫁给一个JI女的私生子吗？被他扯断舌头的三井寿一将他对龙川身世的调查结果寄给了张怀念：龙川的亲生父亲是日本赫赫有名的歌舞伎大师，他的母亲是日本花街的名JI，龙川利用在特务机关的便利为自己伪造了一份履历，但直到现在，东京游廊的JI女们都会将私生子通通溺死，因为当年的花魁就是被自己的亲生儿子龙川肥原偷走全部赎身的钱而上吊自杀的。龙川拿着亲生母亲的卖肉钱来到了中国改了个名字叫龙川肥原，王田香补充道他那天晚上在后山那个孤坟前就觉得奇怪，如果龙川的发妻出身高贵，怎会如此草率地埋在异国他乡的湖边呢，后来他彻查了杭州城十年间刑案，发现四年前就是裘家大少爷失踪前，西湖边发生了一起惨案，一对日本富商夫妇遇劫，妻子死亡，丈夫重伤，而这位死里逃生的丈夫却不再追究，于是这个案子不了了之了，鹫巢叹道正男太可怜了，他的妻子做梦也想不到丈夫会谋杀妻子，学生会背叛老师，而父亲可以用母亲的尸体为儿子铺路，从裘庄捉鬼到现在，龙川还在欺骗自己，鹫巢拍着桌子质问龙川这是为什么？王田香说四年前那起命案也是龙川布的局，只是他不明白龙川钱都到手了，裘家大小姐还给他生了儿子，他怎么下得去手？顾民章接着说龙川不但要瞒侯爵大人，还要瞒松井司令，听说松井司令和黑龙会很有渊源。顾晓梦介绍了裘老庄主当年携黑龙会巨款潜逃的来胧去脉，顾民章提出黑龙会的成员身上都刺有徽章，龙川可以把衣服解开以证明是否是黑龙会的成员，龙川坐着不动，顾晓梦告诉大家不用查了，松井司令和龙川都是黑龙会的成员，他们都有查找这笔宝藏的使命，所以龙川接触裘家千金就是这个目的，他第一次以新婚女婿的身份拜见裘老庄主的当天晚上，裘老庄主就发现了他的真实身份，妻子为了救他，挟持了自己的亲弟弟才把龙川从枪口下救了回来，但她想不到，丈夫后来会亲手杀了她。裘庄主为了保住裘庄宝藏的秘密，把所有的裘庄少年杀手都杀了，只有吴志国一个人逃了出来，他在逃出的当天就遇到了李宁玉。没过多久，裘庄主就死在了上海，于是龙川和他的女儿又以奔丧的理由回到了裘家，秘密地把裘庄的宝藏移了出来，这件事大少爷是不知道的，不然他也不会欠下王田香巨债，还把西楼让了出去，甚至他都说不出裘庄宝藏的下落。但日军进入杭州后，龙川担心松井司令若发现他私吞宝藏会有性命之忧，所以只能杀了妻子，龙川强调芳子深爱自己是重病而死。顾晓梦接着说龙川本以为杀了妻子后秘密会永远隐瞒下去，没想到密码船上吴志国的一封密电又将裘庄的秘密掀开了，他说森田不是死于刺杀，而是死于裘庄，所以侯爵下令让龙川在裘庄调查此事。果然，就在当晚，龙川就发现吴志国、金生火、李宁玉、白小年四人都和裘庄有关系，所以知道裘庄秘密的这些人都得死，自己活下来是因为和裘庄没关系，黄雀就是裘庄大少爷，所以他也必须死，因此一开始裘庄捉鬼就是龙川的骗局，龙川就是为了杀掉黄雀所以必须要在他们五人之中捏造一个共产党的老鬼出来。顾晓梦咄咄逼人地让龙川揭开他最后的谜底：裘庄的宝藏他藏到哪了？龙川哑然，喃喃地说没有什么宝藏，也没有什么身世，他统统不知道。他恍惚中似乎看到了李宁玉、白小年等人都围着他来索命。鹫巢说只要龙川不背叛帝国不背叛自己，无论他犯什么错，都可以拯救他，现在就想让龙川坦白五人对他的三项指控是否是真的？龙川颓废地说自己背叛了天皇和老师，没有资格乞求他的宽恕，只是他的儿子正男自母亲死后一直跟着师母一起生活，像敬重父亲一样敬重鹫巢，祈求鹫巢能继续庇护他，别让他像自己一样没有父亲。龙川向鹫巢深鞠一躬说这一切早就该结束了，之后走出东楼剖腹自尽。
顾晓梦恍惚中似又看到与李宁玉、金生火等人同桌而坐，她走到鱼池边捡起落叶，想起李宁玉曾说真想化成蝴蝶飞出这地狱般的牢笼。
回家后，顾晓梦告诉父亲，她现在才知道李宁玉在密码船上那张照片是留给自己的，顾民章称李宁玉就像自己的另一个女儿，地狱变是他的个人行为，他的组织不会让一个父亲去伤害自己的女儿，他早上收到了一条来自东京的消息：一个叫龙川正男的男孩在华族的学习班溺水身亡，顾晓梦感慨龙川在鹫巢面前认罪自杀就是为了保全自己的儿子，他还是不了解自己的老师。顾民章说龙川是心存幻想，他太爱儿子，所以去杀人去背叛，结果不仅毁了自己也毁了那个孩子，全天下的父亲对孩子的爱是不分国籍、信仰、善恶的。他这个父亲保护女儿的方式不会像金生火、裘老庄主和龙川，他要做个信仰光明的父亲，为晓梦和李宁玉那样的孩子去争取一个没有黑暗的新世界，哪怕他化为灰烬，顾晓梦问父亲共产党能带给国家带来永恒的光明吗？顾民章说他相信将殒身不勋，顾晓梦忆起了李宁玉曾给她说的话：如果自己的女儿能活下去，一定为她结束这个黑暗时代，让她长成像晓梦那样美好的姑娘。晓梦告诉父亲：都说那里充满光明，这一次请不要丢下她。顾民章满眼热泪，与女儿紧紧相依。
第二天，王田香迫不及等地追问顾晓梦裘庄宝藏的事，没想到却被顾晓梦带到了裘庄，张司令、赵小曼等人已在等候，顾晓梦宣布：接特务机关长三井寿一的命令，由她负责调查潜伏在司令部中的军统间谍孤舟，上面接到风声，说孤舟就在他们五人当中，至此新一轮的捉鬼又开始了......