第1集

上一季，在撒玛利亚的步步紧逼之下，芬奇还是成功地把机器的代码，压缩至一台装有一大堆内存的手提箱里，解救了出来。　　新的一季，撒玛利亚继续对芬奇一行人进行追杀。芬奇和里瑟带着手提箱登上了前往曼哈顿的渡轮，并来到了地铁站的秘密基地。芬奇试图解压缩位于手提箱中的机器，但失败了。　　根逃到了俄罗斯黑客贝拉的地盘，但被贝拉出卖，撒玛利亚的人员找到了根。正在这时，里瑟赶到，救走了根，并带她来到了秘密基地。根还从贝拉的仓库里，带走了300台最新款的游戏机。他们用这些游戏机建造了一台超级计算机，来解压缩机器。但由于散热问题，超级计算机差点烧坏，里瑟从地面上搞到一瓶液氮，化解了这一危机。机器的解压缩能否成功呢？　　弗斯科被FBI调查，但最终不知为何，又被无罪释放了。芬奇也不断回忆起创造机器时，发生的一些事情。

第2集

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第9集

特里·伊斯顿正在一家处理上亿资金账户的投资公司的门前图谋不轨，芬奇分析这家公司肯定有价值不菲的绝密信息，特里就是来偷这些信息的。里瑟跟随特里发现他手里竟然拿着炸弹，里瑟阻止了特里并将他带回警局调查。　　特里似乎非常害怕但他不敢开口透露任何消息，芬奇从特里的手机里恢复出他妻子被绑架的照片。原来是有人用妻子的性命威胁特里，但特里也不知道那人是谁，只能称呼他为“声音”。芬奇认出“声音”就是他们之前遇到的一个罪犯，为了抓到他芬奇决定去寻求以利亚的帮助。　　弗斯科抓到了一名叫阿米尔的杀人犯，警局也逮捕了一群名叫“圣堂武士”的混混帮派。里瑟调查处阿米尔曾为“声音”效力过，并且试图找出“声音”的真身，而“声音”为了除掉阿米尔派出“圣堂武士”进警局除掉阿米尔。最终“声音”的真实身份被揭露——特里?伊斯顿，最后以利亚帮助芬奇除掉了特里。

第10集

芬奇前往和女友第一次约会的咖啡店回忆往日的时光，不料他的这一举动却暴露了他，里瑟接到“机器”的报警和根一起前去保护芬奇。回到安全屋后，“撒马利亚人”的杀手紧随而来，以利亚依靠以往的人脉将芬奇送往安全地并随行保护他。　　可是“撒马利亚人”仍然找到了他们，在护送芬奇的途中以利亚中枪身亡，芬奇被带走。在芬奇被“撒马利亚人”转移的途中，根与肖及时赶到救下了芬奇，在肖的掩护下根带走芬奇驾车离开。逃亡路上，根和芬奇依旧不断被追杀，根劝芬奇不能再像现在这样一味的防守了，是时候用“机器”开展反击了，但芬奇仍然犹豫不决。　　在一次被伏击中根中枪了并且他们的车被警察拦下，芬奇被带往市中心的警察局，根被送往了医院。在警察局的芬奇回想到身边的好友一个个的倒下，他终于决定放弃自己那一直谨守的规则，他决心向“撒马利亚人”开战！“机器”解放了全警察局的囚犯帮助芬奇趁机越狱，与此同时，根牺牲的噩耗传来…

第11集

芬奇独自一人前往根的家乡得州，似乎是打算前往她的出生地悼念她，“机器”一直陪伴着他。里瑟和肖正打算去寻找芬奇，却接到新的“号码”——美国总统！总统即将出席一个高级别的筹资晚会，里瑟和肖混进了晚会现场对总统实施保护。　　里瑟及时发现了定时爆炸装置解除了危机，可是晚上现场的电视剧机屏幕上却出现了警告语，在抓住了一名假扮的服务生后，肖对其一番审问候假装放走他并顺藤摸瓜的找到了恐怖分子的老巢，原来是参议员的妻子为了反对政府对公民的监控行为，而决定为自由而战。　　肖在“机器”的帮助下成功脱困，弗斯科发现恐怖分子计划用无人机袭击总统的座驾，最后肖成功延缓了总统上车的时间避免了这次危机。但肖、里瑟、弗斯科都被特勤组逮捕，这时候三位以前的“号码”分别出现救出了他们三人。芬奇前往根家乡的途中来到了一所军事基地，盗取了里面封存的电脑病毒——冰封9，这时芬奇他们唯一能击溃“撒马利亚人”的机会…

第12集

“机器”知道芬奇一直在犹豫是否要释放冰封9病毒，因为芬奇深知冰封9可以消灭“撒马利亚人”但同时“机器”也将一同消亡。“机器”给芬奇放映着里瑟、肖、弗斯科这些芬奇身边伙伴以前的模拟，给他看一个没有“机器”的世界借此帮他做决定，但最终还是得芬奇自己拿主意。　　在“机器”的帮助下，芬奇进入了国家安全局，他将在里面的机房释放冰封9。由于国安局里设置了静电屏蔽场，“机器”只能暂时切断与芬奇的联系，它给里瑟和肖发送信息让他们前来帮助芬奇。就在芬奇即将输入最后的语音密码释放冰封9时，“撒马利亚人”的特工找到了他并控制了他，头目格里亚将自己和芬奇困在密封的房间，在得知只有他一人知道语音密码后，格里亚下令抽空房间的空气打算与芬奇同归于尽。　　紧急关头里瑟和肖接通了连接外界的路由器，“机器”重新激活救出了芬奇。最终，芬奇说了出语音密码释放了病毒。

第13集

纽约地铁上，几个小混混无端挑衅一个衣着褴褛的流浪汉，却不想被他狠狠收拾了一顿，众人全部被带回警局。警官卡特（塔拉吉·P·汉森 Taraji P. Henson 饰）对这个神秘的流浪汉充满兴趣，正当调查处一丝线索，不想流浪汉竟然被人保释。　　原来流浪汉是一个曾经接受过中央情报局特殊训练的特工里瑟（詹姆斯·卡维泽 James Caviezel 饰），而保释他的则是拥有无限的财富的富翁芬奇（迈克尔·爱默生 Michael Emerson 饰）。　　芬奇曾为政府研发了一种可识别罪犯犯罪意识的程序，却被政府认为大材小用而关闭了一部分程序。而现在芬奇希望借助里瑟的能力和这一套程序进行“法外执法”，维持正义、制止犯罪。