第1集
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第20集
谢尔顿和艾米合作的项目和他本来和莱纳德团队的项目有时间有冲突，谢尔顿要么就得放弃期中一个项目，要么就得两方面兼顾，虽然谢尔顿很想两方面都兼顾，但是大家都以为是不大可能的，但是谢尔顿对自己还是很有信心的觉得自己可以做得到，他尽量地简练话语节约时间，为了节约时间他还背了两个书包一个装水一个装汤，连着两个吸管以便自己随时补充能量。刚开始谢尔顿确实做到了，他两面跑也确实解决了很多问题，两面都兼顾了答出了很多的问题，也让大家都刮目相看，但是很快身体本来就不强壮的谢尔顿身体出现了问题，他开始出现了发烧，刚开始艾米让他去休息，但是谢尔顿还觉得自己可以坚持，他一直强撑着。直到有一天，终于出事了，大家回家后发现谢尔顿一个人躺在沙发上睡觉，裤子不知道去哪了，经过寻找，居然在微波炉里看到了裤子。当谢尔顿醒来后，他发现自己失忆了，不知道喝醉的那几个小时都干了些什么，他检查自己的包，发现了记录所有实验机密的小本子不见了，要是泄密的话，这可是个大罪，他可是要去坐牢的。拉杰从他的手机行程记录中发现了谢尔顿中途去了一趟牛仔酒吧，而谢尔顿隐约想起来他好像把机密跟很多人讲了，他赶紧跑到牛仔酒吧，小本子果然在那里，他顺利地拿回了本子。
第21集
因为伯纳黛特即将要回去工作，所以哈雷不得不被送到托儿所去，但是伯纳黛特很舍不得哈雷，觉得自己陪她的时间还不够多。在伯纳黛特即将上班之前，霍华德准备带着他们一起出去游玩，但是伯纳黛特全程都在为要和哈雷分开而伤感，但是为了哈雷以后能更加地独立又不得不把她送到托儿所去，托儿所离霍华德工作的地方很近只有两分钟的路程。把哈雷送到托儿所的第一天，霍华德在托儿所的玻璃外一直看着哈雷，后来终于忍不住瞒着伯纳黛特把哈雷接到水族馆玩，回家后伯纳黛特说其实自己知道霍华德带走了哈雷，因为在他带走哈雷后托儿所的工作人员就给她打电话了。最后他们都想开了还是要让哈雷好好地在托儿所，他们自己也该回归正常的工作了。艾米和谢尔顿又开始了他们的节目——神奇的旗帜，但是节目到观众来电环节就开始尴尬了，等了好一会才有一个观众打电话过来，接起来发现是地质学家伯特，艾米问他是不是对神奇的旗帜有什么疑问，可是伯特其实就是打电话来炫耀自己交了一个女朋友，然后那一晚的节目就再也没有观众来电了。因为霍华德请假，所以在工作的地方吃饭时只有莱纳德、拉杰和谢尔顿三个人，谢尔顿老是想讲一些关于物理学的冷笑话，其他两个人都觉得很无聊，所以在伯特过来的时候他们就热情地邀请他一起吃饭，由于他们都对伯特的女朋友很感兴趣，莱纳德就邀请伯特一起去他家聚餐。在聚餐时他们知道了伯特的女朋友其实是因为他的钱才跟他在一起的，建议伯特和女朋友分手，但是伯特分手后又后悔了觉得自己一个人实在太无聊了，所以又用物质把女朋友又哄了回来。
第22集
谢尔顿和莱纳德等人在玩电玩，碰到了一群许久不玩电玩的青少年，但是因为谢尔顿的失误，他们输给了青少年们。谢尔顿觉得自己的头脑已经不再那么好用了，曾经他叱咤游戏界，现在的他连手机更新都要用上一周的时间。谢尔顿不甘这样被小学生羞辱，查了资料得出了要想提高智力需要不断地锻炼自己的脑力的结论，于是他打算尝试各种没有做过的东西。刚开始，让拉杰教他做角包，他做得非常好，拉杰对此很惊讶，牛角包对他没有挑战后他又去找了霍华德，霍华德刚开始教他接球的杂技，谢尔顿觉得会伤害到自己的肘关节，就不学了。后来霍华德又给了他独轮车，但是他玩了一会也放弃了，艾米说他总是半途而废，谢尔顿就生气了，但不一会艾米又把他哄高兴了，于是谢尔顿又开心地去挑战踩高跷了。佩妮，伯纳黛特和艾米在酒吧喝酒遇到了佩妮前男朋友扎克，扎克邀请佩尼和莱纳德一起吃饭，佩妮答应了。第二天，莱纳德和佩妮一起去赴约，但是到现场的时候，只有扎克一个人，扎克说他的女朋友临时有事，来不了了。在吃饭，聊天过程中，大家各自聊了自己正在做的事情，佩妮表示自己不是特别喜欢现在的工作，扎克说自己有一份工作，非常适合佩妮，邀请佩妮随时加入他的公司。吃完饭后，佩妮和莱纳德在回家的路上，佩妮说这份工作的诱惑力还蛮大的，她有考虑加入扎克的公司。但是莱纳德不同意，因为扎克毕竟是佩妮的前男友。霍华德也觉得不太适合，但是拉杰认为应该要尊重佩妮的想法，不能够因为扎克是前任，他们就阻碍佩妮的发展，伯纳黛特也支持莱纳德的想法，但是后来莱纳德也想开了不能因为自己的私心阻碍佩妮的发展，佩妮打电话给扎克，告诉他自己决定接受这份工作，可是扎克的未婚妻不同意佩妮来工作，于是佩妮只好坚守目前的岗位。
第23集
霍华德，莱纳德和谢尔顿一起为空军做的项目历经一年的时间终于完成了第一个阶段，大家高兴地在一起庆祝，然后开始准备第二个阶段的研究。可是当他们回到研究基地的时候却发现他们的研究成果直接被空军拿走了，空军准备在他们研究成果的基础上自己完成接下来的研究，他们就这么被背叛了，所以他们接下来的一个阶段都没有事情做了。三人非常的沮丧，而艾米拿到了一个很好大学的奖学金，需要到那里去进修但是这也就意味着她要离开谢尔顿一段时间，谢尔顿需要独立生活一段时间了，可是由于谢尔顿太依赖艾米了，艾米担心她走了以后谢尔顿会适应不了，再加上这件事情，所以艾米一直不知道该怎么开口告诉谢尔顿她得要奖学金的这件事，于是艾米暂时不谈奖学金，谈起了拉杰要搬到伯特家住的消息，但这也并不什么好消息。最终事实是隐藏不了的，在吃艾米煮的早饭时，谢尔顿发现艾米有话要讲，当艾米说出她得到奖学金的事，谢尔顿很受打击，但是他发泄完情绪后，依然还是很支持艾米去，因为对于艾米来说，这个是一个很难得的机会。谢尔顿觉得自己很舍不得艾米，因为他现在太依赖艾米了，不过为了艾米好，他还是为艾米买好了买一个质量非常好的，基本不会破损的行李箱并且送她离开，在出发时，谢尔顿一副温心小男友的样子给了艾米各种关照，谢尔顿艾米约好了每天视频，才依依不舍地离开。拉杰找到了新住处准备要离开莱纳德家里了，他整理好自己的行李离开，拉杰希望谢尔顿可以搬回以前的房间，和莱纳德、佩妮住在一起就不会寂寞，但是莱纳德和佩妮要过自己的二人世界，拉杰话还没说完，就被莱纳德赶了出去。
第24集
艾米走后谢尔顿生活中又出现了另外一个女生，一个他的迷妹现在在谢尔顿所在的大学读博士，这个女生长得眉清目秀的金发碧眼还是一个国家的游泳队选手。在吃午饭的时候，谢尔顿把她介绍给莱纳德他们还炫耀她送给谢尔顿的三角巧克力。莱纳德他们惊讶的发现，那个女生居然把谢尔顿逗笑了而且她碰谢尔顿的时候他居然没有很反感地甩开他，在那个女生的眼睛里他们都能看出来她对谢尔顿有意思。伯纳黛特和佩妮知道这件事的时候也很恐慌不知道该不该告诉艾米，又觉得有可能谢尔顿只是把她当朋友看，怕艾米担心后来就没有告诉她了。艾米和谢尔顿视频的时候问谢尔顿最近的近况，谢尔顿说最近跟那个女博士玩得很开心，艾米就炸了，挂掉电话去质问佩妮和伯纳黛特为什么没把这件事情告诉她，并让佩妮无论如何要让那个女生消失，她好不容易才跟谢尔顿在一起的。谢尔顿和女博士一起游泳完带她回家跟莱纳德他们一起吃饭，伯纳黛特为了避免发生什么故意坐在她和谢尔顿的中间。吃完饭后谢尔顿想给她看一些别人给他写的信就把她带回了自己的公寓了，大家都慌了不知道该怎么办，正当谢尔顿和女博士在公寓里看信的时候艾米发来视频邀请，谢尔顿接了视频将女博士介绍给艾米，艾米的脸色很难看，莱纳德晚一步才打电话给艾米，艾米生气地挂掉电话。大家一起送女博士回家后，佩妮单独找谢尔顿谈话，说那个女博士可能对他有意思，但是谢尔顿明白不了因为女博士知道他已经有女朋友了，而且他其实都没怎么把她当做一个女生看待，佩妮很无奈。第二天女博士又来找谢尔顿吃饭，谢尔顿想起昨天佩妮讲的话就直接问她说是不是想和自己发展成为男女朋友，女博士就亲了谢尔顿，谢尔顿就懵了直接走出自己的办公室，打车去机场坐飞机去找艾米。艾米在公寓里听到谢尔顿敲门的时候吓了一跳，打开门发现谢尔顿拿着戒指单膝跪地在她的门口。（本季终）