第1集

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第18集

神盾局乱作一团，菲尔的腿部也受了伤。测试结果出来了，黛西是唯一被感染的，其它异人暂时安全。迈克和梅担心地议论着，基地危险了，黛西随时可能带那个掌握了他们情况的蜂巢过来，临走前黛西还拿走了泰瑞根水晶和克里古人器物。菲尔正在抢修飞行器。他坚信黛西还是他们的一员，她只是被感染暂时成了人质。因为，他始终在心里将黛西当成女儿看待。黛西告诉新沃德，自己只要跟他呆在一起就很充实，她甚至请林肯也过去。听到新沃德说，如果大家全都目标一致，就不会有战争，这里会成为异人们幸福的星球时，黛西甚至依偎到了新沃德的肩头。神盾局的特工们不无苦恼地注意到了黛西跟从新沃德后很快乐。因为新沃德能刺激宿主大脑中的快乐中枢。大家商量着想要寻求除寄生虫的博士帮助，来救回黛西。菲尔知道新沃德正在组建异人军队，怕被蜂巢控制的黛西，会带着新沃德提前找到会分身的艾丽莎，于是决定先去找她。为了救回黛西，林肯不惜穿上自杀背心，要求和菲尔、梅一起出外勤。这是菲尔为了以免林肯也被沃德控制的险棋。他和菲尔、梅出发了，刚找到艾丽莎，林肯就发现了她的异常，显然她已经被黛西带着的沃德先找到，并被感染了。艾丽莎劝诱着林肯不必忠于人类，人类只是低级动物。林肯不为所动，和梅一起除掉了艾丽莎的两个分身。艾丽莎的本体感应到了，尽管痛苦，她却还是对着新沃德露出了笑容，并表示她乐意为他做出一切牺牲。黛西又带着沃德找到了半异人詹姆斯，逼着他交出克里古人器物，詹姆斯不肯，于是黛西逼着他变成了异人，并为沃德感染控制，丧失了自制力的詹姆斯交出了他一直藏着的克里古人器物的剩余部分，这个器物，是唯一能毁灭新沃德的东西。菲尔派西蒙斯、菲茨、迈克前去找博士。菲茨、西蒙斯进入了博士经常出入的高级会所。正当他们费尽周折见到博士，努力说服博士解救黛西时，新沃德和黛西、艾丽莎、詹姆斯赶到了，他们挟持了博士。黛西还警告菲茨说别再找她了，下次她一定会扭断他的脖子。而新沃德，以已死在异星球的威尔的语气说话，抚摸西蒙斯的脸颊，西蒙斯泪流满面，但依然清醒地知道，他不是他，他只是吞噬了威尔生命，偷了威尔记忆的蜂巢。她出其不意地开了枪，打中了新沃德的腹部，迅速逃离。三人最后总算安全地到了汇合地点。

第19集

新沃德对黛西和其它追随他的异人们，讲述了他当年被克里人捕获后做实验的经过。新沃德还说，克里人也改造了异人们的祖先。所以，这些人建立了九头蛇，迎接他的归来。现在，他要回报这些人的忠诚，在他们身上重现当时克里人的实验。菲兹研究出了能抗蜂巢毒素的物质，这是能救回黛西的唯一办法了。可是，克蒙斯又又担心使用过程中会造成黛西出现其它不好的症状。林肯听了，主动要求要自己身上先做实验。但菲尔得知如此做可能会摧毁被实验者免疫系统的风险后，命令菲兹另外寻找办法。他不想失去林肯这个神盾局新加入的特工。林肯见多说无益，为救黛西，他自己注射了抗毒素。菲尔和迈克居然通过神盾局的系统，寻找到了黛西踪迹。菲尔认为这是陷阱，而迈克却感情用事地以为也许黛西故意这样做，好让昔日的同事前去救她。菲尔尽管一直将黛西视作自己的女儿，但却认为迈克错了。有了线索，但不能掉以轻心，如果此次前往，务必将蜂巢一举消灭。博士为新沃德的设想所吸引，帮他们将泰瑞根水晶用于实验，将正常人转化成异人。但教授的实验失败了。他对新沃德说如果要成功，他需要一个活着的克里人的基因，新沃德差点杀掉教授，但最后还是放了他一马。神盾局的特工们全副武装地出发了，大家下定决心要救回黛西，摧毁蜂巢，尤其迈克，黛西是他的搭档，而他居然对黛西的变化一无所知，他内心对此感到内疚，一心要弥补。特工们赶到后，梅发现了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，帮他将普通人改造成异人，然后建立异人军队。当得知了新沃德的确切所在地后，梅击晕了詹姆斯。为了得到活的克里人的血液。新沃德召唤来了克里猎杀者，然后让黛西去对付他们。艾丽莎很快死于猎杀者之手，这时，黛西出现了，一直躲在暗处观察的神盾局特工们执行着菲尔的命令，可迈克却想违令去帮黛西。猎杀者被黛西制服，教授抽到了足够的血液。这时，迈克出现要救回黛西，而黛西却将他击倒在地痛殴。另一个猎杀者最终被新沃德所杀，特工们的武器显然也伤不了新沃德，神盾局只得火速撤离。新沃德因黛西未能如约扯出迈克的心脏而对她的忠诚表示怀疑。黛西为了证明自己，告知他自己体内就有克里人的血液，有助于实验。

第20集

格伦代表总统来跟菲尔谈话。总统希望神盾局能走入公众视野，这就需要菲尔将神盾局信息透明公开，包括下辖的所有异能人士。这对异能人士来说是很危险的，因为公众对他们的仇恨不知何时便会点燃，这无异于将他们置于险地。菲尔决定说服他。他这次毫无保留地带他参观基地。但当格伦看到鞭笞时，却突然间愤怒起来。菲尔告诉他，鞭笞的存在是有用的，也许他就是为了杀蜂巢而出现的。菲尔还让西蒙斯告诉了格伦所有真相。格伦了解到了蜂巢正在行动，他已掌握了将人快速转化成异人的办法。博士抽取了黛西的血液，用于制造异人。黛西尽管失血过多，但她依然十分乐意，甚至不惜为此献出生命。这一次，博士没有让蜂巢失望，他将人转化成了异人，但因为某种因素没有控制好，新转化的异人极其丑陋，可蜂巢显然对此很满意。他告诉博士不必改进，就这样造出大批量的异人就行。因为异人们显然只是他利用的工具，他对之毫不在意。黛西不停地攻入神盾局的系统，她想掌握神盾局的每一个动向。林肯一直被关着感到很烦燥，但菲尔担心他失去黛西后将采取不理智措施，所以暂时不想还他自由。黛西攻入了神盾局系统，通过他房间的屏幕跟他交谈。在她的帮助下，林肯逃出了神盾局。正在参观的格伦得知了这个消息，正在怪罪神盾局的时候，梅揭开了真相。事实上，林肯没有逃，这只是神盾局安排好的反击，是鞭笞代替林肯，乘飞行器去了蜂巢所在小镇。鞭笞果然像是为毁灭蜂巢而存在的，别的异人在蜂巢面前只有乖乖就范的份儿，而鞭笞一出手即致蜂巢重伤。蜂巢倒地无还手之力。新转化的丑陋异人们袭击鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血过多正休息的黛西看到情况，赶去帮蜂巢袭击鞭笞，只进行了一轮进攻就无力地躺倒在地上。鞭笞显然记得所有往事，他走过去不但没有难为黛西，反而帮她恢复了体力重获自由。他将她抱到飞行器上想带她离开，这时，詹姆斯突然从背后进攻，火鞭穿透了鞭笞的心脏，鞭笞倒地而亡，没来得及结果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的进攻，重新返回了神盾局。所有的老同事们欢迎着她的归来。

第21集

迈克埃琳娜和梅驾驶飞行器赶往太平洋地区美军发射井，他们想抢在蜂巢赶到之前。因为那儿的导弹发射装置，很可能被蜂巢用来高空散播病毒，感染正常人转化成被他控制的异人。但五小时前，发射井的工作基地人员就已经失联。情况紧急，格伦向国防部高官索要停止发射的代码，高官不同意，而要因循守旧地按程序来，如果真的那样做，得耗时两周。在他们视频谈话时，菲茨根据谈话内容，将代码存放地址通知了菲尔，并假扮高官通知下属将代码交给菲尔。迈克他们已在发射井降落，他们抱着不成功便成仁的决心。千钧一发之际，发射被及时中止。愤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面让博士想办法解决发射问题，一面决定报复神盾局。林肯以身犯险，将蜂巢引到迈克所在的地方。迈克安装了专门对付蜂巢的装置。他们想用这装置烧坏蜂巢的大脑。趁蜂巢陷入混乱之时，他们赶去解救人质。博士也趁机脱困。甚至在蜂巢追出来的时候，他们还将蜂巢困在玻璃舱内凝胶块中带回了神盾局。格伦对此十分满意，感到事情有了巨大进展。但装满感染人类病原体的弹头被蜂巢藏起来还没找到。回来的黛西尽管提供了大量情报，对神盾局抓捕蜂巢十分有帮助，但她陷入对往事的自责和摆脱蜂巢的不适矛盾中，难以理性。迈克宽恕原谅让她感动。她及时控制了心中阴暗面的扩展。菲茨被原始异人袭击，幸亏西蒙斯及时打开门才得以逃脱。但那些原始异人将蜂巢救了出来。蜂巢从黛西那儿了解到了神盾局的一切，他很快发现，通过和风也照样能起到散播病毒的目的。这时，黛西来到他面前，慢慢跪下，求他再次接纳她。

第22集

黛西跪求蜂巢重新接纳自己，蜂巢先是狐疑但很快同意。他将手放到黛西脸颊，但马上又抽回了手。因为他发现黛西有了免疫力。黛西趁其不备，对他发动了攻击，但最终被营救蜂巢的詹姆斯等人擒获并带走。留在神盾局的原始异人们继续对神盾局的人进行攻击，埃琳娜为了保护迈克中弹倒下了。这些异人们唯一的缺陷是视力差，聪明的西蒙斯发现这点后，调高了温度，这些异人们于是变成了睁眼瞎。梅和菲茨进了和风，菲茨机智地击毙了吉耶拉，并救出了黛西。蜂巢让詹姆斯找到他们。菲尔也驾机追了过来，为了避免更多特工们受伤，他留下了迈克他们，独身前去配合梅和菲茨。但队员们显然不甘自己怕局长如此受伤，最终他们设下了更好的计谋。当菲尔出现在蜂巢面前时，蜂巢从新沃德的样子变回本相，因为他迫不及待地想占有菲尔的身体和记忆，从而以菲尔的面目出现，号令神盾局。谁知这一切早在预料中，他面前的菲尔只是个全息影像，用来分散他注意力的。神盾局的人已经登舱并和梅黛西他们会合了。黛西明了了自己的命运， 她决定将装有弹头的部分带入太空，然后引爆拯救地球上的人们。林肯发现了她的决定，利用手动装置，率先升入太空，选择了自我牺牲替黛西完成使命。黛西心痛欲碎，她觉得他是在为她曾犯下的错付出代价，菲尔安慰她说，是为所有人的错。太空中，林肯在为自己能同时拯救世界和自已所爱的女人而欣慰。林肯与蜂巢一同在太空中爆炸了。神盾局的特工们全都垂下了头。悲哀在所有人心中漫延。六个月后，迈克和菲尔按命令等待抓捕黛西，神盾局的人就要被分流了，两人对自己将来会被安排到什么地方也并不清晰。黛西不断地利用自己的异能在银行做案。她用这笔钱帮助了能预示未来的死去的异人的妻女，在菲尔和迈克抓到她之前，成功逃脱。