话说男主尼奥原本是个程序员，同时也是一名黑客。一天，不知名的用户通过电脑给他发来信息，让他跟随几个混混前往夜店。在夜店里，一位自称崔尼蒂的女人说他现在正处于危险之中，需要他找到一个名为墨菲斯的人。正当尼奥一头雾水的时候，忽然从梦中惊醒。就在他以为一切都是梦境的时候，墨菲斯竟然打来了电话。

墨菲斯警告尼奥，秘密警察和特工正在追捕他，尼奥只好根据墨菲斯的指示在公司里四处逃窜，躲开警察的追捕。虽然不明白究竟发生了什么，但是他开始意识到自己原本平凡的生活恐怕要一去不复返了。可惜尼奥没能战胜恐惧，他很快就被警察捉拿归案。

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表面上看墨菲斯的团队忠心耿耿，实际上，比起现实世界的艰苦战斗，队友雷根却更加怀念在矩阵中的虚拟生活。他决定和AI阵营的特工史密斯交易，以墨菲斯的情报为筹码，来换取自己在矩阵中的优越生活。

不久之后，“先知“发来消息，要求和尼奥见面。于是墨菲斯带着尼奥进入矩阵，遗憾的是，先知告诉尼奥，似乎他的资质还不够，在之后遇到的事件中，他和墨菲斯必然有一人会面临死亡。正当他们准备返回现实世界时，雷根暴露了他们的位置，特工史密斯带着警察杀到。尽管一行人竭尽全力逃跑，最终还是被发现。危机时刻，墨菲斯掩护众人逃脱，自己则被史密斯抓走。

提前醒来的雷根却袭击了现实中的接线员坦克，并拔掉了其他两位战友的连线插头，让他俩当场死亡。正当雷根打算拔掉尼奥的插头时，死里逃生的坦克将他一炮轰飞，崔尼蒂和尼奥幸免遇难。

即便如此，回到现实的他们情况依然严峻。史密斯必然会从墨菲斯的口中问出幸存人类大本营“勋山“的主机密码。此时似乎除了在现实杀死墨菲斯已经别无他法。就在这时，尼奥想起了先知的预言，于是决定前往矩阵，将墨菲斯救回来。

在矩阵中，全副武装的男女主手持武器与史密斯手下的警察展开了大战，一番激烈的角逐过后，两人终于突破了重重包围，借助直升机救出了墨菲斯。可就在他们赶到地铁站打算通过电话亭撤离矩阵时，史密斯又杀到了。墨菲斯和崔尼蒂先行一步，而尼奥却因为电话亭被破坏，不得不留下继续战斗。

由于史密斯是矩阵系统的杀毒软件，无论尼奥怎么做都无法将他杀死，只好拼命逃离。现实世界中，AI机器人正向飞船袭来，由于尼奥还在连线，墨菲斯无法使用EMP攻击。一番逃窜后，在一处大楼内，尼奥吃了史密斯的枪子，当场身亡。

正当所有人以为一切都已经结束之际，尼奥却在崔尼蒂的吻别中忽然复活——原来，他就是先知所说的那个救世主。死而复生的尼奥获得了超乎常人的力量，立刻就将史密斯当场消灭，并返回了现实。墨菲斯等人也在关键时刻启动了EMP，消灭了入侵的机器人。

总的来说，黑客帝国作为一部1999年的科幻片，已经开始思考人类与人工智能的关系，甚至假想人工智能控制和利用人类、制造出一个虚拟世界，这本身就令人震惊，无论是音乐配合，节奏把控，逻辑推理，战斗特效，都达到了那个年代的巅峰，如果你也是一位科幻电影爱好者，那么这部电影将是你永远不能错过的选择！