肖恩执意要去神秘岛寻找祖父，为了缓解父子之间的关系，汉克成功劝服了肖恩的母亲，和他一同前去。然而他们到了码头，却被告知他们要去的地方根本没有什么岛屿，只有暴风雨。只有看上去神经不正常的机长，因为贪图肖恩的高价佣金，表示愿意铤而走险。就这样，肖恩父子与机长，以及他美丽的女儿兰妮一起开始了冒险之旅。

中途，他们果然遇到了暴风雨。肖恩认为进入龙卷风中心才能到达岛屿，可遭到了其他人的反对，随后直升机控制器失灵，被迫卷入了飓风中。

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随后众人来到了祖父家中，那里各种新奇的家具一应俱全。然而，要向帕劳群岛发送求救信号，至少需要等到卫星到达合适的位置，这个过程需要两周时间，也就是说，他们暂时还无法离开神秘岛。

第二天，众人跟随祖父外出欣赏美

肖恩推测，他们可以乘坐尼莫船长的鹦鹉螺号离开岛屿。于是肖恩的祖父带领他们来到了尼莫船长的墓穴，兰妮在墓穴坍塌之前成功得到了尼莫船长的航行日志，得知鹦鹉螺号在神秘岛的另一端，为了赶时间，众人决定走最快却最危险的的途径——从岛中心穿过去到达神秘岛的另一端。虽然这一路上山脉崎岖，有着各种恐怖生物、壮丽的美景，还亲眼见到了传说中的金山，还有更多奇丽的植物花卉，甚至乘着巨型蜜蜂飞越了高山，也一度被以蜜蜂为食的巨鸟追杀。最终，历经了重重困难，一行人劫后余生。祖孙三人围坐在篝火边，唱歌谈心，准备着迎接最后的挑战。

休息一晚后，汉克发现神秘岛沉没速度愈发加快，留给他们的时间只剩下几个小时，他们必须加快速度寻找鹦鹉螺号。但是机长在这时却失踪了，只有兰妮知道他是为了弥补没钱供女儿上大学的遗憾，而去寻找金矿了。于是众人兵分两路，祖父和兰妮去寻找机长，汉克与肖恩则继续寻找鹦鹉螺号。

很快，父子俩潜入水中找到了已经沉没的鹦鹉螺号。然而时隔多年，鹦鹉螺号里面的电池早已消耗殆尽，根本无法启动，就在这时，汉克想到了一个好办法，成功利用电鳗发出的高压电启动了鹦鹉螺号，另一边，机长在金山附近找到了一大块金子，但是金子太重根本无法带走，最终兰妮成功说服父亲放弃了金子。随后三人到达了岛屿另一边后，却唯独不见肖恩父子。这时，火山喷发，大地剧烈抖动，岛屿即将沉没，眼看他们就要被海水吞没，危机时刻，汉克驾驶解鹦鹉螺号及时赶到，救了刚刚落水的三人。最终，众人驾驶着鹦鹉螺号，成功逃离了这个神秘岛。

故事的最后，兰妮如愿读了大学，机长成为了鹦鹉螺号探险的新船长，而肖恩也收获了爱情和亲情。大家又即将开始迎接新的冒险。

总的来说，《地心历险记2》是一部值得一看的奇幻冒险电影，虽没有复杂的故事线，但每个角色塑造得很饱满，个性鲜明，更有新奇生动的花鸟鱼虫与奇珍异兽，电影光线明暗有致，音乐恢弘大气，契合故事情节与宏大场面。就算是不费脑力地体验一个半小时的特效，也是种享受放松的不错选择。